醫院空氣過濾器應用場所主要包括：醫院移植倉、醫院中心供應室、醫院層流室、醫院機房、醫院PICU/NICU、醫院臍血庫、醫院手術室、醫院重癥監護室、配液室、醫院走廊、醫院風機口等。
從這些場所可以看出，醫院其實大致可以分為普通環境、中等環境、高要求環境。
普通環境，例如走廊、機房、風機口這些地方一般都是裝初效過濾器(例如初效板式過濾器、初效金屬網過濾器、初效折疊過濾器);
中心供應室、配液室這些就可以選擇中效過濾器(例如中效袋式過濾器、中效箱式過濾器);
重癥監護室、手術室、臍血庫這些地方必須裝高效過濾器(例如高效無隔板過濾器、高效鋁隔板過濾器);
這里要特別強調，有些工程公司為了節約成本，選擇了紙隔板，這是不對的，雖然外表看起結構一樣，過濾級別也一樣，但是對于手術室這種對空氣潔凈度要求如此之高的地方來說，鋁隔板高效過濾器更合適，因為金屬材質更抗菌，菌體殘留時間短，而紙隔板不但不抗菌，且會讓細菌增生繁殖。
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